Muitos documentos que relatavam fatos importantes a respeito da história e da filosofia da Franco-Maçonaria foram simplesmente destruídos. A perda mais devastadora dos primeiros manuscritos relativos aos ensinamentos filosóficos antigos da Ordem foi causada pelo incêndio da Biblioteca de Alexandria, em 391 d.C., provocado pela Igreja de Roma. Algumas descobertas desses textos foram feitas na Idade Média pelos Cavaleiros Templários ao escavarem as galerias do Templo de Jerusalém, mas muitos documentos foram destruídos pela Inquisição no século XIV, restando apenas alguns registros.